Sinh ra tại làng Gatuyaini ở khu Othaya của quận Nyeri, Kibaki là con trai út của những người nông dân Kikuyu tên Kibaki Gĩthĩnji và Teresia Wanjikũ (cả hai đã quá cố). Ông học tại trường phổ thông Gatuyainĩ (hai năm), trường Karĩma Mission (3 năm), Trường nội trú tiểu học Mathari (giữa năm 1944 và 1946). Ông đã học Trường PTTH Mang'u danh tiếng giữa năm 1947 và 1950 và đạt điểm tối đa có thể trong cuộc thi cuối cấp. Ông đã muốn theo học trường quân sự nhưng do một phán quyết của Walter Coutts, thư ký trưởng thuộc địa, dân thuộc các cộng đồng G.e.m.a không được vào quân đội Anh.

Ông đã học kinh tế, lịch sử và khoa học chính trị tại Makerere University College, Kampala, Uganda. Trong quá trình học, ông là chủ tịch Hội sinh viên Kenya. Năm 1955, ông đã tốt nghiệp giỏi nhất lớp và được cấp học bổng học tiếp ở Anh quốc và đã nhận bằng cử nhân khoa học.[3] hạng ưu ngành tài chính công tại Trường Kinh tế Luân Đôn.